De 1994 à 1997, M. Gagnon fut membre du comité administratif du CIQ à titre de secrétaire, vice-président puis trésorier. De 1999 à 2001, il a été membre du Groupe de travail sur l'allégement réglementaire dans le cadre du Plan d'action ministériel sur la mise à jour du système professionnel.
Le CIQ est le regroupement des 45 ordres professionnels du Québec comptant plus de 326 000 membres. Il agit comme forum d'échange et de concertation, et comme voix collective des ordres sur des sujets d'intérêt commun. Le Code des professions lui octroie un mandat d'organisme-conseil auprès de l'autorité publique.